Pada saat itu Jurusan Hama dan Penyakit Tumbuhan memiliki dua program studi, yaitu Program Studi Ilmu Hama Tumbuhan dan Ilmu Penyakit Tumbuhan. Pada tahun 1996 kedua program studi yang ada digabung menjadi satu berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor: 221/DIKTI/Kep/1996, sehingga Jurusan Hama dan Penyakit Tumbuhan hanya mempunyai satu program studi yaitu Program Studi Ilmu Hama dan Penyakit Tumbuhan dengan dua minat/konsentrasi: Ilmu Hama Tumbuhan dan Ilmu Penyakit Tumbuhan. Berdasarkan kebutuhan kompetensi lulusan maka pada tahun 2000, Jurusan Hama dan Penyakit Tumbuhan diubah menjadi Jurusan Perlindungan Tanaman. Dicapainya akreditasi A secara nasional, membuktikan bahwa Program Studi Ilmu Hama dan Penyakit Tumbuhan Jurusan Perlindungan Tanaman merupakan lembaga pendidikan tinggi unggulan di bidangnya.

Tugas Jurusan Perlindungan Tanaman adalah melaksanakan Tridharma Perguruan Tinggi, khususnya yang terkait dengan pengamanan produksi pertanian melalui manajemen kesehatan tanaman. Pelaksanaan konsep Pengendalian Hama Terpadu yang menjadi kebijakan telah mendapatkan pengakuan dari berbagai pihak dan dukungan kuat dari segenap pakar di lingkungan Jurusan Perlindungan Tanaman. Oleh karena itu sebagian besar kegiatan tridharma berorientasi pada konsep tersebut.